Canlıların benzerlik ve farklılıklarının bilimsel yöntemlerle incelenmesi asırlar önce başlanmıştır. Günümüze kadar teknolojideki gelişmelere pararlel olarak farklı bilim dalları taksonomiye katkı sağlamıştır. Başlangıçta bitkilerin sınıflandırılmasında kullanılan karakterler dış morfolojik özelliklerle kısıtlı iken, sonraları anatomik veriler, kromozom sayısı, boyut ve şekilleri, mikromorfolojik özellikler (Polen ve Tohum yüzey süsleri vs.), kimyasal ve moleküler veriler bitki sistematiği için uygun karakterler olarak kullanılmışlardır. 

Kemotaksonomi, kimya ve taksonomi kelimelerinden türetilmiştir. Kemotaksonomi canlılardaki kimyasal maddelerin özelliklerini, taksonomik dağılımlarını ve evrimleşme ile ilişkilerini inceleyen bir bilim dalıdır.

 

İnsanoğlu bitkiler açısından kemotaksonomiyi bir dereceye kadar çok uzun bir süredir uygulamaktadır. Tat, koku ve renk duyuları, bir organizmanın kimyası hakkında bilgi toplamak için ve böylece, önemi ve ilgisi açısından sınıflandırmak için kullanılmıştır. Bununla birlikte, böyle bir sınıflandırmanın sonucu tamamen fenetiktir (yani genel benzerliğe dayalı); kullanımı, tehlikesi, vb. temelinde bitkileri ilişkilendirilir. Ama genellikle aralarındaki filogenetik ya da evrimsel ilişkiler hakkında, eğer varsa, bize kısmen de olsa bilgi verir. Gerçek bir taksonominin filogenetik ilişkilere dayalı olması gerektiğine dikkat edilmelidir.

 

Charles Darwin'in arkadaşı T.H. Huxley’e 1857 yılında “inanıyorum ki, görecek kadar yaşamayamasam da, doğanın her aleminin oldukça gerçek soy ağaçlarına sahip olacağımız bir zaman gelecek.” yazmıştır (http://www.darwinproject.ac.uk/entry2143, 2011).  Şimdi, 150 yıldan daha fazla bir zaman sonra, oldukça gerçek, 'soy' (bugün 'filogenetik' terimini tercih edilmektedir) ağaçlarının, DNA dizi verileri karşılaştırarak hemen hemen her organizma grubunun yerleştirilebildiği bir aşamaya gerçekten gelmiş durumdayız (Wink vd. 2010).

 

Bitki sekonder metabolitlerinin taksonomiye kattığı potansiyel değer yaklaşık 200 yıldır kabul edilmiş olmasına rağmen, pratik uygulamaları, bu yüzyılla ve ağırlıklı olarak son 45 yılla sınırlı olmuştur. Kimyasal taksonominin ilk kapsamlı savunucusu, Angiospermae’daki uçucu yağlar, sabit yağlar ve alkaloitlerin dağılımını inceleyen McNair (1935) olmuştur. Aynı zamanda, ilk karşılaştırmalı analizler rapor edilmiş ve bu analizlerin çoğu, Myrtaceae’nin, özellikle Eucalyptus, uçucu yağlarını kapsamıştır. Bu çalışmalar, farklı taksonların kimyasal farklılığını teyit ederken, bu erken aşamada bile, kimyada türler arası varyasyonun olasılığını göstermiştir (Wink ve Waterman 1999).

 

Kemotaksonominin oluşturulmasına imkan veren önemli teknik gelişme, kağıt kromatografisi olmuştur. Bu işlem, çoklu örneklerin çıkarılmasına ve spesifik metabolitlerin varlığı ya da yokluğuna göre karşılaştırılmasına imkan vermiştir. Flavonoidler ve ilgili fenolik bileşikler, önceleri kağıt kromatografisi ve daha sonra ince tabaka kromatografisi (TLC) ile incelenmek için özellikle uygun olduklarını kanıtlamıştır. Biraz daha ayrıntılı olarak ilk incelenen, Angiospermae’nın tamamında bazı yaygın fenoliklerin dağılımı olmuştur. 1970'li ve 1980'li yıllarda geliştirilen ve kemotaksonomi ve fitokimyanın ilerlemesi için gerekli olan başka yöntemler, kapiler kolon (veya yüksek çözünürlük) gaz-sıvı kromatografisi (GLC), yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC), kütle spektrometresi (MS, özellikle GLC-MS, LC-MS gibi) ve nükleer manyetik rezonans (1H, 13C-NMR) olmuştur.

 

Bir disiplin olarak Kemotaksonomi, flavonoidler ve diğer fenolikler üzerine Harborne’un (1964, 1967) özel çalışmalarını kapsayan, birkaç taslak eserin (özellikle, Alston ve Turner (1963) ve Swain’in (1963, 1966)) yayını ile 1960'lı yılların başında gerçekten rüştünü ispat etmiştir. Hegnauer, bitki familyalarının içinde ve arasında metabolitlerin oluşumu ve dağılımı üzerine güncel bilgileri büyük bir titizlikle derlediği, “Chemotaxonomie der Pflanzen” isimli eserinde başlatmıştı. O zamana kadar, sekonder metabolit dağılımlarının taksonomik aralığı üzerine genellemeler yapmak için yeterli veri toplanmıştı. Buna, dinamik biyosentetik bir filogeni bağlamında konumlandırma imkanı veren, bu bileşiklerin biyosentezi ile ilgili deneysel veriler hızla büyümüştür. Bu dönemde, angiosperm evrimini ortaya çıkarmada kemotaksonominin sahip olduğu etkiye işaret eden, bir dizi çok heyecan verici keşif yapılmıştır (Wink ve Waterman 1999, Wink vd. 2010).

 

Kemotaksonomi taksonomiye canlılardaki kimyasal maddelerin özelliklerini, taksonomik dağılımlarını ve ayrıca evrimleşme ile ilişkilerini inceleyerek katkıda bulunmak üzere tümüyle analitik sonuçlardan yararlanan bilim dalıdır.

 

Karşılaştırmalı fitokimya ve bitki biyokimyası ise kimyasal maddelerin çeşitli sınıflandırma ile biyosentez ve biyojenezlerini karşılaştırarak inceleyen dalıdır.