Bu ders kapsamında rasyonel ilaç etken madde tasarımı yöntemlerinin önemi, efektör – hedef ilişkileri, fizikokimyasal parametreler, kantitatif yapı – etki ilişkileri analizleri, Hansch analizleri, Free-Wilson Analizleri, karışım analizleri, üç boyutlu kantitatif yapı-etki ilişkileri analizleri, CoMFA ve CoMSIA analizleri, moleküler modelleme teknikleri, docking çalışmaları ve DeNovo analizleri anlatılmaktadır.