Dersin Amacı:

Bilgisayar programlama konusunda giriş düzeyinde bilgisi olan öğrencileri hedef alan ders; biyolojik araştırmalardan elde edilen verilerin bilişimsel biyoloji/biyoinformatik teknikleri kullanarak analiz edilmesini sağlayan algoritma ve yazılımlar geliştirilmesini konu almaktadır. Ders kapsamında, nesne tabanlı programlama paradigması ile geliştirilmiş belli başlı biyolojik yazılım geliştirme kütüphaneleri tanıtılmaktadır. Öğrencinin, biyoinformatik ve bilişimsel biyolojide hazır analiz paketlerini kullanarak gerçekleştirilmesi çok zor, zahmetli ya da imkansız olan analizleri gerçekleştirebilecek algoritmaları endüstri standardı haline gelmiş yazılım kütüphanelerini ve teknikleri kullanarak geliştirilmesine yönelik bilgi birikimine katkı sağlanması amaçlanmaktadır.

Dersin Öğrenme Çıktıları:

1. Öğrencinin biyolojik verilerin analizinde nesne tabanlı programlama yaklaşımını temel alan yazılım kütüphanelerini kullanarak yazılım geliştirilmesi konusunda bilgi kazanır.

2. DNA dizisi, protein dizisi, protein üç boyutlu yapısı gibi biyolojik verilerin uzak veritabanlarında ve servis sağlayıcılarda sorgulanması ve analiz edilmesi için yaklaşım geliştirir.

3. Temel biyoinformatik analizlerden benzerlik arama ve hizalama algoritmalarınının çalışma prensibi ve kullanımı konusunda bilgi birikimini artırır.

4. Biyolojik verilerin depolanmasını sağlacak veritabanı uygulamaları konusunda bilgi kazanır.

5. Sistem biyolojisi yaklaşımı ile üretilmiş genomik, transkriptomik, proteomik ve metabolomik verilerinin ön işlemlerini, kalite kontrollerini ve analizlerini gerçekleştiren yazılım kütüphanelerini kullanmak konusunda bilgi sahibi olur.