Konu özeti
1 - Programlama paradigmaları ve bilişimsel biyolojik yazılım geliştirme
Biyolojik veri analiz algoritmalarına giriş, ana akım programlama paradigmalarının problem çözümünde kullanımı. İki biyopolimer dizisi arasındaki benzerliğin bulunması problemine yaklaşımlar.
Kaynak: 12 - Bilişimsel biyolojide nesne tabanlı programlama
Ölçeklenebilir bir programlama paradigması olan nesne tabanlı programlamanın bilişimsel biyoloji ve biyoinformatikte kullanımı, zengin özelliklere sahip ana akım dillerin ve platformların tanıtılması
Kaynak: 13 - “Bio-” yazılım kütüphaneleri
Biojava, Biopython, Bioperl, Bioruby gibi gelişkin yazılım geliştirme kütüphanelerinin tanıtılması
Kaynak: 14 - Biyolojik veri yapıları, standart veri formatları
DNA dizisi, protein dizisi, protein üç boyutlu yapısı gibi biyolojik verileri depolayan, işleyen ve analiz eden nesnelerin tanıtılması
Kaynak: 15 - Dinamik programlama ile biyolojik dizilerde ikili hizalamalar
Needleman-Wunsch ve Smith-Waterman algoritmaları ile global ve lokal hizalama yapılması, Gizli Markov Modeli kullanarak ikili dizi hizalaması yapılması
Kaynak: 16 - Yerel ve uzak sunucuda BLAST uygulaması
Yerel BLAST sunucusu kurulumu ve Bio- kütüphaneleri üzerinden kullanımı
Kaynak: 17 - SOAP ve REST ile uzak “biyoservislerin” kullanımı
Biyolojik veri sorgulama ya da analiz servisi veren uzak sunucular ile iletişim protokollerinin tanıtılması
Kaynak: 18 - “Distributed Annotation System” (DAS)
Genomik işaretleme bilgisinin harmanlanarak paylaşılmasını sağlayan DAS'ın tanıtılması
Kaynak: 19 - BioSQL, ACEDB
Büyük veri kümelerini yerel olarak depolamak için geliştirilmiş veritabanı sistemleri ve uygulama programlama arayüzlerinin tanıtılması
Kaynak: 110 - Genetik algoritmalar
Optimizasyon ile problem çözümü, yapay zeka algoritmaları ve hesaplamalı biyolojide kullanımının tanıtılması.
Kaynak: 111 - Nöral ağlar ve kullanım alanları
Uzman sistem, yapay zeka ve karar verme algoritmaları ile biyomoleküllerin yapı fonksiyon ilişkilerinin analizi
Kaynak: 112 - Kütle spektroskopisi verilerinin analizi – mzML, proteomik yazılım kütüphaneleri
roteomk ve metabolomik verilerinin analizini sağlayan yazılım kütüphanelerinin tanıtılması
Kaynak: 113 - Sistem biyolojisi yazılım kütüphaneleri
Sistem biyolojisi işaretleme dili (SBML), sistem biyolojisi grafik notasyonu (SBGN), biyolojik yolak takas (BioPAX), proteomik standartları girişimi XML formatı (PSI-MI), ontoloji düz dosya formatı, hücre işaretleme dili (CellML) standartları ile analiz yapabilen yazılım kütüphanelerinin tanıtımı
Kaynak: 114 - Mikrodizin analizi
Bio yazılım kütüphanelerindeki mikrodizin ön işleme, kalite kontrol ve analiz fonksiyonları, R ve Bioconductor yazılım paketlerinden nesne ve fonksiyonların çağırılması için “wrapper” kütüphanelerin tanıtılması
Kaynak: 1