400200710021 Biyonesneler ile Algoritma ve Yazılım Geliştirme

Bölüm anahatları

• Genel bölümünü seçin

  Genel

  Genel bölümüne gidin

  • DR.ÖĞR.ÜYESİ EVREN DORUK ENGİN etkinliğini seçin

    

    DR.ÖĞR.ÜYESİ EVREN DORUK ENGİN Dosya
  • Ders İzlencesi biyomesneler etkinliğini seçin

    

    Ders İzlencesi biyomesneler Dosya
• 1 - Programlama paradigmaları ve bilişimsel biyolojik yazılım geliştirme bölümünü seçin

  1 - Programlama paradigmaları ve bilişimsel biyolojik yazılım geliştirme

  1 - Programlama paradigmaları ve bilişimsel biyolojik yazılım geliştirme bölümüne gidin

  Biyolojik veri analiz algoritmalarına giriş, ana akım programlama paradigmalarının problem çözümünde kullanımı. İki biyopolimer dizisi arasındaki benzerliğin bulunması problemine yaklaşımlar.

  
  

  Etkinlikler: 1
• 2 - Bilişimsel biyolojide nesne tabanlı programlama bölümünü seçin

  2 - Bilişimsel biyolojide nesne tabanlı programlama

  2 - Bilişimsel biyolojide nesne tabanlı programlama bölümüne gidin

  Ölçeklenebilir bir programlama paradigması olan nesne tabanlı programlamanın bilişimsel biyoloji ve biyoinformatikte kullanımı, zengin özelliklere sahip ana akım dillerin ve platformların tanıtılması

  
  

  Etkinlikler: 1
• 3 - “Bio-” yazılım kütüphaneleri bölümünü seçin

  3 - “Bio-” yazılım kütüphaneleri

  3 - “Bio-” yazılım kütüphaneleri bölümüne gidin

  Biojava, Biopython, Bioperl, Bioruby gibi gelişkin yazılım geliştirme kütüphanelerinin tanıtılması

  
  

  Etkinlikler: 1
• 4 - Biyolojik veri yapıları, standart veri formatları bölümünü seçin

  4 - Biyolojik veri yapıları, standart veri formatları

  4 - Biyolojik veri yapıları, standart veri formatları bölümüne gidin

  DNA dizisi, protein dizisi, protein üç boyutlu yapısı gibi biyolojik verileri depolayan, işleyen ve analiz eden nesnelerin tanıtılması

  
  

  Etkinlikler: 1
• 5 - Dinamik programlama ile biyolojik dizilerde ikili hizalamalar bölümünü seçin

  5 - Dinamik programlama ile biyolojik dizilerde ikili hizalamalar

  5 - Dinamik programlama ile biyolojik dizilerde ikili hizalamalar bölümüne gidin

  Needleman-Wunsch ve Smith-Waterman algoritmaları ile global ve lokal hizalama yapılması, Gizli Markov Modeli kullanarak ikili dizi hizalaması yapılması

  
  

  Etkinlikler: 1
• 6 - Yerel ve uzak sunucuda BLAST uygulaması bölümünü seçin

  6 - Yerel ve uzak sunucuda BLAST uygulaması

  6 - Yerel ve uzak sunucuda BLAST uygulaması bölümüne gidin

  Yerel BLAST sunucusu kurulumu ve Bio- kütüphaneleri üzerinden kullanımı

  
  

  Etkinlikler: 1
• 7 - SOAP ve REST ile uzak “biyoservislerin” kullanımı bölümünü seçin

  7 - SOAP ve REST ile uzak “biyoservislerin” kullanımı

  7 - SOAP ve REST ile uzak “biyoservislerin” kullanımı bölümüne gidin

  Biyolojik veri sorgulama ya da analiz servisi veren uzak sunucular ile iletişim protokollerinin tanıtılması
  

  Etkinlikler: 1
• 8 - “Distributed Annotation System” (DAS) bölümünü seçin

  8 - “Distributed Annotation System” (DAS)

  8 - “Distributed Annotation System” (DAS) bölümüne gidin

  Genomik işaretleme bilgisinin harmanlanarak paylaşılmasını sağlayan DAS'ın tanıtılması

  
  

  Etkinlikler: 1
• 9 - BioSQL, ACEDB bölümünü seçin

  9 - BioSQL, ACEDB

  9 - BioSQL, ACEDB bölümüne gidin

  Büyük veri kümelerini yerel olarak depolamak için geliştirilmiş veritabanı sistemleri ve uygulama programlama arayüzlerinin tanıtılması

  
  

  Etkinlikler: 1
• 10 - Genetik algoritmalar bölümünü seçin

  10 - Genetik algoritmalar

  10 - Genetik algoritmalar bölümüne gidin

  Optimizasyon ile problem çözümü, yapay zeka algoritmaları ve hesaplamalı biyolojide kullanımının tanıtılması.
  

  Etkinlikler: 1
• 11 - Nöral ağlar ve kullanım alanları bölümünü seçin

  11 - Nöral ağlar ve kullanım alanları

  11 - Nöral ağlar ve kullanım alanları bölümüne gidin

  Uzman sistem, yapay zeka ve karar verme algoritmaları ile biyomoleküllerin yapı fonksiyon ilişkilerinin analizi

  
  

  Etkinlikler: 1
• 12 - Kütle spektroskopisi verilerinin analizi – mzML, proteomik yazılım kütüphaneleri bölümünü seçin

  12 - Kütle spektroskopisi verilerinin analizi – mzML, proteomik yazılım kütüphaneleri

  12 - Kütle spektroskopisi verilerinin analizi – mzML, proteomik yazılım kütüphaneleri bölümüne gidin

  roteomk ve metabolomik verilerinin analizini sağlayan yazılım kütüphanelerinin tanıtılması

  
  

  Etkinlikler: 1
• 13 - Sistem biyolojisi yazılım kütüphaneleri bölümünü seçin

  13 - Sistem biyolojisi yazılım kütüphaneleri

  13 - Sistem biyolojisi yazılım kütüphaneleri bölümüne gidin

  Sistem biyolojisi işaretleme dili (SBML), sistem biyolojisi grafik notasyonu (SBGN), biyolojik yolak takas (BioPAX), proteomik standartları girişimi XML formatı (PSI-MI), ontoloji düz dosya formatı, hücre işaretleme dili (CellML) standartları ile analiz yapabilen yazılım kütüphanelerinin tanıtımı

  
  

  Etkinlikler: 1
• 14 - Mikrodizin analizi bölümünü seçin

  14 - Mikrodizin analizi

  14 - Mikrodizin analizi bölümüne gidin

  Bio yazılım kütüphanelerindeki mikrodizin ön işleme, kalite kontrol ve analiz fonksiyonları, R ve Bioconductor yazılım paketlerinden nesne ve fonksiyonların çağırılması için “wrapper” kütüphanelerin tanıtılması

  
  

  Etkinlikler: 1